La franchise Yu-Gi-Oh !  ne cesse de se décliner en différentes séries dérivées et Yu-Gi-Oh ! 5D's en est l'une des incarnations - le deuxième spin-off après Yu-Gi-Oh ! GX !

L'action se passe à la Nouvelle Domino City, une ville de riches qui prospère en faisant travailler la population misérable de sa voisine, Satellite ! C'est à Satellite que vit le héros de l'anime, Yusei Fudo qui rêve de passer à Domino City pour régler un vieux contentieux avec Jack Atlas, son ancien ami, l'actuel champion du Duel de Monstres, qui lui a jadis volé sa carte du Dragon Poussière d’Étoile !

Une compétition officielle, organisée par le Directeur Goodwin, a lieu pour le titre, la Fortune Cup, dans ce qui est la nouvelle forme du Duel de Monstre, le "Turbo Duel" qui se pratique sur des motos high-tech - les Duel Runners ! - et mets en jeu les "syntoniseurs", une nouvelle forme de fusion de monstres !

La Saison 1 qui compte 26 épisodes raconte le "retour en grâce" de Yusei et se termine avec la finale de la Coupe Fortune et l'annonce du nom du nouveau champion !

Les vrais enjeux se révèlent alors, ! Yusei et Jack sont  des Pactisants, possédant chacun un Dragon ! Cinq Pactisants existent dans le monde et ensemble, ils ont la capacité d'invoquer le puissant Dragon Cramoisi, seul rempart contre les Ténèbres !

Yusei, Jack mais aussi Akiza Izinski, une jeune fille dotée de pouvoirs psychiques, la petite Luka (mais pas son jumeau Lua) et un mystérieux individu qui reste caché sont les cinq Pactisants ! Ils vont affronter les Pactisants des Ténèbres qui veulent plonger le monde dans l'Apocalypse !

Les Pactisants des Ténèbres contrôlent les Créatures puissantes piégées sous les fresques du plateau de Nazca ! Ils recrutent notamment la journaliste Carly Carmine, une amie de Jack, laquelle se retrouve dans le camp des méchants à son corps défendant ! La série compte donc de nombreux personnages dont certains sont assez bien développés et propose des enjeux moraux !

Dans les intrigues annexes, on a notamment le Mouvement  Arcadie - qui a recruté Akiza ! On a aussi le Directeur Goodwin, personnage ambigu qui joue peut-être sur plusieurs tableaux !?